南京审计大学审计处成立于1995年，2000年开始纪委、监察处、审计处合署办公，2014年独立设置审计处，是学校主管内部审计的职能部门，主要职责是对学校及所属单位财务收支、内部控制、风险管理等实施独立、客观的监督、评价和建议。

南京审计大学审计处在学校主要领导和南京审计大学审计委员会的领导下开展工作。南京审计大学审计委员会成立于2020年，下设办公室，办公室主任由审计处负责人兼任。审计委员会主要负责部署内部审计工作，审议年度审计工作报告，研究制定内部审计年度计划、重大政策和发展战略，内部审计重大事项等。

审计处内设综合办公室和综合审计科2个科室，现有7名审计人员，其中处级岗2名，科级岗2名；高级职称3名，中级职称4名；博士1名、硕士6名；中国注册会计师3人，国际注册内部审计师2人，美国注册会计师1人。聘任兼职人员19名，其中高级职称12名，博士16名。审计处人员知识结构、专业结构和年龄结构合理，为高质量开展内部审计工作奠定了良好的基础。

审计处坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真贯彻落实党中央、国务院、审计署、教育部、江苏省教育厅关于审计的新要求，坚持“围绕中心、服务大局、有为有位、创新发展”的审计工作思路，突出审计重点，努力从优化制度、防范风险、提高效率、增强活力、完善治理角度提出审计建议，且揭示问题与推动解决问题相统一，着力发挥审计服务于学校内部治理的积极作用。